PrimerPremier6破解 6.3 绿色版

Primer Premier 6是一款专业的生物相关领域研究人员的引物设计软件，软件主要分为序列编辑窗口Genetank，引物设计窗口PrimerDesign，酶切分析窗口RestrictionSites和纹基分析窗口Motif四大功能，可以为用户提供出色的引物设计功能。该软件主要分为可以进行引物设计、限制性内切酶位点分析、DNA基元查找等，该软件功能强大，能够大大提高工作效率。

Primer Premier 6安装

1.运行安装Primer Premier 6.0 Installer.exe安装

2.替换C:\Program Files\Primer Premier 6.0\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600目录下的RMToolkit.jar

3.如果更改了安装目录可以按照更改的路径找到RMToolkit.jar替换

Primer Premier 6软件功能

1.主要界面可分为序列编辑窗口(Genetank)，引物设计窗口(Primer Design)，酶切分析窗口(Restriction Sites)和纹基分析窗口(Motif)四大块

2.该软件就是用来进行引物设计的

3.可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物

4.在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异 二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来5.进行这些操作非常简单

primer premier6使用教程

一、注意：

软件适用于WIN7/8/10/11;

安装全程断网;

下载、解压和安装都应该在英文路径下进行;

解压安装前关闭所有杀毒软件，WIN10/11系统需关闭Windows Defender的实时保护;

二、安装步骤：

1、下载到英文路径并解压完成后，打开“Primer Premier 6”文件夹，以管理员身份运行其内的“PP624InstallerWin64.exe”程序文件(32位系统的运行“PP624InstallerWin32.exe”程序文件)，随后按提示安装即可。

2、回到安装包，打开“crack”文件夹，将文件夹内的“patcher.jar”文件复制粘贴到软件安装目录下的“DM624”文件夹内(默认路径为：C:\Program Files\Primer Premier 6.24\http\http://Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM624)。

3、打开命令提示符界面(同时按下Win+R)，输入：CMD，点击“确定”，命令行中输入：cd C:\Program Files\Primer Premier 6.24\http\http://Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM624，回车(注意cd后面有个空格，后面的这个路径就是第2步那个路径);随后，在弹出来的另一行输入：java -jar patcher.jar，回车，Patch成功。

4、打开软件，即可正常使用

primer premier6怎么设计引物

1.上下游引物要保守：

为了能够扩增出所需要的保守片段，必须对保守的100-200片段进行PCR扩增。所以引物的选取也要非常的保守，最好不要有不同的碱基，若不得不有时，也必须保证引物的3’端至少有4个碱基是完全保守才可。

在设计保守引物时，要在发表序列上分别找保守一致的区域，即在发表序列的5’端引物位置找的是3’端至少有5个bp保守，在即在发表序列的3’端引物位置找的是5’端至少有5个bp保守。

5’NNNNNNN 3’

发表序列：5’-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-3’

3’NNNNNNNNN 5’

2. 上下游引物的长度和Tm值：

上下游引物的长度一般为18-25bp之间，且Tm值在58-60℃之间。确保引物中GC含量在30-80%。应避免引物中多个重复的碱基出现，尤其是要避免4个或超过4个的G碱基出现。引物的3’端最好不为G或/和C。引物3’端的5个碱基不应出现2个G或/和C。

上游引物应标记F(forword)，且在基因组 的位置及长度;下游引物应标记R(reverse)，且在基因组 的位置及长度。用oligo或primer preiemer软件 即可计算Tm值。上下游引物的Tm值相差最好不超过2℃，长度相差最好不超过4bp。

3.引物的评价：

用DNAstar 软件中的Primerselect软件，点击“log”菜单中的“create primer catalog”，在“name”中输入引物的名称、位置，按Tab键进入“sequence”，粘贴或输入要分析的引物序列。选中整个序列后，在 “report”菜单下“primer self dimer”,分析引物的二聚体。弹出的窗口中就告诉此引物有多少个dimer，并对此引物用dG值进行评价(通常给出最差的dG值，理论上是dG值越大越好)。在“report”菜单下“primer hairpins”,分析引物的发夹结构。弹出的窗口中就告诉此引物有多少个hairpins，并对此引物的hairpins进行评价。再选择所需要的上下游引物，在“report”菜单下 “primer pair dimers”,分析上下游引物的dimers。弹出的窗口中就告诉此对引物有多少个dimer，并对此对引物用dG值进行评价(通常给出最差的dG值，理论上是dG值越大越好(dG值通常为负值)，绝对值超过4.5kcal/mol易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR 反应不能正常进行)。不必考虑引物与探针 之间的配对与发夹结构，因为探针 的Tm值非常之高。

4. 上下游引物与探针的距离(上下游引物的位置)：

理论上讲，上游引物的3’端离探针的5’端为1-20bp，最佳是1bp，最近为上游引物的3’端离探针的3’端为4bp;下游引物要与探针有一定的距离，但要保证下游引物的3’端离探针的3’端最为15-150bp。整个目的片段的长度最好在50-150bp之间，最长不超过 200bp。

5. 随机引物：

适用于长的或具有发卡结构的RNA。适用于rRNA、mRNA、tRNA 等所有RNA的反转录 反应。主要用于单一模板的RT-PCR反应。当特定mRNA 由于含有使反转录 酶终止的序列而难于拷贝其全长序列时，可采用随机六聚体引物这一不特异的引物来拷贝全长mRNA。用此种方法时，体系中所有RNA 分子 全部充当了cDNA 第一链模板，PCR 引物在扩增过程中赋予所需要的特异性。通常用此引物合成 的cDNA 中96%来源于rRNA。

6. Oligo dT：

适用于具有PolyA尾巴的RNA。(原核生物的RNA、真核生物的 Oligo dT rRNA和tRNA不具有PolyA尾巴。)由于Oligo dT要结合到PolyA 尾巴上，所以对RNA样品的质量要求较高，即使有少量降解也 会使全长cDNA合成量大大减少。是一种对mRNA 特异的方法。因绝大多数真核细胞mRNA具有3’端Poly(A+)尾，此引物与其配对，仅mRNA 可被转录。由于Poly(A+)RNA仅占总RNA 的1-4%，故此种引物合成的cDNA比随机六聚体作为引物和得到的cDNA在数量和复杂性方面均要小。

7. 基因特异性引物：

与模板序列互补的引物，适用于目的序列已知的情况。用含目标RNA 的互补序列的寡核苷酸 作为引物，若PCR 反应用二种特异性引物，第一条链的合成可由与mRNA 3’端最靠近的配对引物起始。用此类引物仅产生所需要的cDNA，导致更为特异的PCR扩增。缺点是只能用于单一基因的PCR实验。PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致，或大或小，或者同时出现特异性扩增带与非特异性扩增带。